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Estes também atuam na transcriptase reversa, mas possuem estutura diferente da dos nucleosídeos análogos. Em razão da rápida resistência que o HIV adquire frente a estas drogas, as mesmas devem ser usadas sempre em conjunto com dois antivirais nucleosídeos. Segue abaixo alguns exemplos de análogos não nucleosídeos: Nevirapine (Viramune) - Pode ser combinado a dois análogos nucleosídeos, e vem demonstrando em estudos realizados diminuir consideravelmente a carga viral. Delavirdine (Rescriptor) - Perfil semelhante ao da Nevirapine. Os medicamentos deste grupo não devem ser utilizados isoladamente, devido à elevada chance de desenvolvimento de resistência do vírus às medicações. Portanto, devem ser reservados para combinações com outras drogas ("coquetel").
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