O exame da contagem das células CD4 e CD8, células de defesa do sistema imunológico, mostram como as defesas do organismo se encontram. Quanto menor o número destas células, maior o risco de aparecimento de uma infecção oportunista.

O exame de Carga Viral mede a quantidade de vírus que circula pelo sangue. Quanto maior este número, mais chance de evolução rápida da doença com suas complicações. Com a diminuição da carga viral percebe-se a queda das taxas de mortalidade dos doentes de AIDS. A resposta ao tratamento usado é sinônimo de redução da carga viral. A elevação ou manutenção da carga significa resistência ao tratamento.

Estes exames devem ser realizados a cada 3 ou 4 meses para indicar o início de uma terapia com medicamentos, orientar mudanças na terapia e avaliar os resultados do tratamento aplicado.

Reduzir a carga viral e aumentar o número de CD4 é o objetivo final de qualquer terapia com anti-retrovirais.